Иван Емельянович начинал свою деятельность на заводах двоюродного брата Матвея Сидоровича Кузнецова. В течение пяти лет он набирался опыта, осваивал производство. С 1963 года заведовал ярмарочной торговлей М. С. Кузнецова. Уже в 1873 году стал главным управляющим фабриками и «торговлей». Опыт работы у двоюродного брата помог Ивану Кузнецову не только постигнуть секреты управления производством, но и дал возможность познать технологию фарфорового производства. Он усовершенствовал процесс изготовления гипсовых форм, капсюлей для обжига изделий, внес предложения в разработку новых составов масс и глазурей для фарфора и фаянса, улучшил быт и положение рабочих.
Накопив опыт и капитал, Иван Емельянович открыл собственное дело в Новгородской губернии, по семейной традиции выбрав фарфор и дав начало новой ветви фарфоровой династии Кузнецовых. В основание дела было положено наследство, оставленное отцом Емельяном Терентьевичем, и приданное жены.
Купив в Новгородской губернии 40 тыс. десятин леса, в 1878 году Иван Кузнецов построил здесь свой первый завод, близ которого и поселился. Производство удобно расположилось недалеко от станции Волхов Николаевской железной дороги. Для обучения местных крестьян Иван Емельянович привез мастеров из Дулёва. Начав с гончарных изделий из местной глины, фабрика постепенно перешла к производству качественного фарфора, сырье для которого завозили из Англии, Скандинавии и Прибалтики. В ассортименте появилась дорогая посуда, которую отличала удивительная белизна.
Приобретя в 1889 году Чудовский стекольно-хрустальный завод Рингенберга, Иван Емельянович быстро вывел его из плачевного состояния, наладив производство изделий из стекла и хрусталя. Но душа Кузнецова по-прежнему тяготела к фарфору. В 1892 году он приобрел посудную фабрику новгородского дворянина П. К. Рейхеля (1845 — после 1906) близ села Бронницы Новгородской губернии. Производство фарфора низкого качества делало ее убыточной.
Уже год спустя здесь было налажено изготовление широкого ассортимента фарфоровых изделий, в том числе церковной утвари и икон. Сам Иван Кузнецов становится купцом первой гильдии.
В 1897 году Кузнецов приобрел у помещицы Ботановой землю у села Грýзино Новгородской губернии. Сперва он строит здесь кирпичный завод, после лесопилку, а уж потом — сохранившееся до наших дней здание Грýзинской фарфоровой фабрики, которую оснащает современным импортным оборудованием.
Все фабрики, построенные И. Е. Кузнецовым, хорошо развивались, и стали снабжать население Псковской, Новгородской, Санкт-Петербургской губернии и многих районов Прибалтики. На предприятиях внедрялись новые формы производства фарфора, майолики и фаянса. Появились новые материалы, краски, глазури и виды росписи. Продукция кузнецовских заводов вскоре обрела заслуженную славу. На фабриках И. Е. Кузнецова работал В. С. Чехонин — русский художник и график, ученик И. Е. Репина.
1904 году Иван Кузнецов получает статус поставщика царского двора, в 1913-м создает «Товарищество на паях Ивана Емельяновича Кузнецова», пайщиками которого становятся его жена, четыре сына и три дочери, с капиталом в 4 млн рублей. В состав Товарищества вошли все выше упомянутые предприятия. Кроме того, И. Е. Кузнецов, имел магазины в Санкт-Петербурге и на ярмарках. Ежегодно за пределы Новгородской губернии вывозилось по железной дороге и водным путем до 450 пудов посуды, что составляло 25 млн. штук изделий. Предприятия И. Е. Кузнецова считались ведущими в отрасли. Продукция фабрик Ивана Емельяновича была более повседневной, чем продукция М. С. Кузнецова, но ничуть не уступала ей по качеству исполнения.
Фарфор И. Е. Кузнецова, неоднократно удостаивался наград на различных отечественных и зарубежных выставках. На Всемирной выставке в Париже фарфор И. Е. Кузнецова был награжден бронзовой медалью по классу керамики. Изделия Кузнецова славились добротностью и чистотой отделки: тончайшие фарфоровые чашки не уступали лучшим образцам китайского и западно-европейского фарфора.
Большая династия Кузнецовых играла на рубеже ХIХ и ХХ веков не малую роль в промышленной, культурной и духовной жизни Российской Империи. Каждый раз, начиная новое дело, И.Е. Кузнецов с начала строил фабрики, а после часовни и храмы, занимался богоугодными делами. Семья занималась благотворительностью и вносила крупные пожертвования не только в благотворительные общества, но еще и сама помогала работникам собственных фабрик и нуждающимся слоям населения.
В 1918 году заводы Кузнецова были национализированы, дальнейшая судьба бывшего владельца и его семьи неизвестна, могила не сохранилась. По одной из версий, в 1919 году за попытку воспрепятствовать реквизиции продовольствия с заводского склада, несмотря на протесты рабочих, Ивана Емельяновича расстреляли чекисты, а тело сбросили в Волхов.
В наши дни с историей предприятий Ивана Кузнецова и с изделиями его фабрик можно ознакомиться в Государственном музее художественной культуры Новгородской земли «Музейный цех фарфора», расположенном в новгородском Десятинном монастыре.